En France, vers la fin des années 1980, face à l'avènement de la société du savoir, le gouvernement a décidé de significativement augmenter le nombre de docteurs et depuis lors s'est lancé à une réforme continue de la formation doctorale. Pour ce faire, un système d'école doctorale - structure de coopération pluridisciplinaire - a été mis en place puis généralisé vers 2000. Entre-temps, le processus de Bologne a démarré et a largement influencé le système de formation universitaire en France, y compris la formation doctorale. Sous le nouveau système LMD, les écoles doctorales font l'objet d'une évaluation périodique plus rigoureuse afin d'assurer la qualité de leur formation et sont demandées d'être largement ouvertes au monde extérieur. Tels changements et leurs conséquences - développement numérique de la formation doctorale, son ouverture vers le monde extérieur, difficulté de trouver de bonnes débouches pour les docteurs (en particulier pour les docteurs en sciences humaines et sociales), etc. - sont observables également au Japon. Cependant, le degré de l'ouverture vers la société et les approches de développement des dispositifs - écoles doctorales en tant que programmes en France et écoles post-graduées (daïgakuïn) en tant que composantes au Japon - constituent des différences majeures. Cet article a pour objectif de décrire la réforme de la formation doctorale avant et après l'introduction du système LMD en France et de présenter des éléments de comparaison entre les systèmes de formation doctorale en France et au Japon.