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ID 37988
file
title alternative
DNA Barcoding as a Supporting Tool for Identification of Undetermined Herbarium Specimens, with Special Reference for Dried Plant Specimens <Short Report>
creator
Inoue, Yuya
Nakahara-Tsubota, Miho
Uchida, Shinji
Mukai, Seiji
subject
乾燥標本
分子情報
分子系統解析
広島県のフロラ
核ITS 領域
dried specimens
DNA barcording
molecular phylogeny
flora
nuclear ribosomal internal transcribed spacer (nr ITS) region
NDC
Biology
abstract
生物学的な研究を行う際の基礎資料として標本は必要不可欠であるが,その状態によっては形態による同定が困難な場合がある。近年DNAバーコーディングによる種の同定が行われるようになっている。今回,広島大学植物標本庫HIROに収蔵されている標本のうち,完全標本でないものを対象にDNAバーコーディングを行った。その結果,沖縄県産の標本から移入植物と考えられるRuellia longepetiolata (Oerst.) Hemsl. を確認し,DNAバーコーディングが標本の管理に有効であることが示された。一方で,沖縄産の標本からハイノキ属Symplocosの一種を確認したが,データベースに登録されている配列とは一致しなかった。この標本については種レベルの同定を行うためさらに検討が必要である。このような場合,形態の検討が重要であり,配列データだけに頼った判断には注意が必要である。本研究の結果,DNAバーコーディングが,完全でない標本の同定に有効であること,その際に分子系統解析を併用することでさらに効果があがること,配列情報だけを使った同定にも限界が存在することが明らかになった。
abstract
Herbarium voucher specimens are indispensable for taxonomic research and one of the most important basic materials in biological research generally. However, depending on the condition of the specimen, it may be difficult to identify or effectively exploit the material for study. The DNA barcoding technique is an important research tool for identification based on specimens or samples using standard DNA sequences, and has become much more widely used in recent years. Here, we make a case study for identification of incomplete or otherwise difficult specimens using two imperfect plant specimens deposited in the herbarium HIRO by means of the DNA barcoding technique. DNA barcoding showed that one of the subject specimens from Okinawa Prefecture, southernmost Japan, could be identical to Ruellia longepetiolata (Oerst.) Hemsl. (Acanthaceae). Using a BLAST search, sequences obtained from the other specimen identified only as Symplocos sp. (Symplocaceae), also from Okinawa Prefecture, did not match any sequences deposited in the DNA database, suggesting that further studies would be needed based on traditional taxonomic methodology. The results demonstrated that (1) DNA barcoding is a useful tool to identify specimens in poor condition in the herbarium, (2) phylogenetic analyses are helpful in to determining the identity of specimens, and (3) identification using only DNA barcoding has limitations and is dependent on the extent of the DNA library.
journal title
Bulletin of the Hiroshima University Museum
issue
Issue 6
start page
41
end page
49
date of issued
2014-12-25
publisher
広島大学総合博物館
issn
1884-4243
ncid
language
jpn
nii type
Departmental Bulletin Paper
HU type
Departmental Bulletin Papers
DCMI type
text
format
application/pdf
text version
publisher
rights
Copyright (c) 2014 広島大学総合博物館 Hiroshima University Museum
department
Graduate School of Science
Ohters
Hiroshima University Museum
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