The ONIOM molecular dynamics method for biochemical applications : cytidine deaminase.
Chemical Physics Letters 437 巻 1-3 号
138-142 頁
2007-03-22 発行
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| ファイル情報(添付) | |
| タイトル ( eng ) |
The ONIOM molecular dynamics method for biochemical applications : cytidine deaminase.
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| 作成者 |
Matsubara Toshiaki
Dupuis Michel
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| 収録物名 |
Chemical Physics Letters
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| 巻 | 437 |
| 号 | 1-3 |
| 開始ページ | 138 |
| 終了ページ | 142 |
| 抄録 |
We developed and implemented the ONIOM-molecular dynamics (MD) method for biochemical applications. The implementation allows the characterization of the functions of the real enzymes taking account of their thermal motion. In this method, the direct MD is performed by calculating the ONIOM energy and gradients of the system on the fly. We describe the first application of this ONOM-MD method to cytidine deaminase. The environmental effects on the substrate in the active site are examined. The ONIOM-MD simulations show that the product uridine is strongly perturbed by the thermal motion of the environment and dissociates easily from the active site.
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| NDC分類 |
生物科学・一般生物学 [ 460 ]
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| 言語 |
英語
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| 資源タイプ | 学術雑誌論文 |
| 出版者 |
Elsevier Science B.V.
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| 発行日 | 2007-03-22 |
| 権利情報 |
Copyright (c) 2007 Elsevier B.V.
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| 出版タイプ | Author’s Original（十分な品質であるとして、著者から正式な査読に提出される版） |
| アクセス権 | オープンアクセス |
| 収録物識別子 |
[ISSN] 0009-2614
[DOI] 10.1016/j.cplett.2007.01.085
[NCID] AA00602122
[DOI] http://dx.doi.org/10.1016/j.cplett.2007.01.085
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